• איברים פנימיים של בעלי חיים ובעיקר חיות מרעה – רצוי לפחות 5 מנות שבועיות שונות.
• דגי ים ופירות ים – השתדלו לפחות 3 מנות שבועיות.
• ירקות מכל הסוגים, כמה שיותר מגוון יותר טוב:
• ירקות עלים ירוקים.
• ירקות ופירות צבעוניים, בעלי נוגדי חמצון שונים – אדום, סגול, כחול, צהוב, כתום ולבן.
• ירקות עשירים בגופרית – ירקות ממשפחת המצליבים (כרוב, כרובית, ברוקולי וכו') וירקות שושניים (שום, בצל, כרישה וכו').
• אצות ים.
• ירקות מותססים.
• בשר איכותי – בישראל קשה להשיג בקר אוכל עשב, אבל בשר לא מעובד רצוי ועם עדיפות לנתחים שומניים וג'לטיניים. ובנוסף רצוי למעט ככל האפשר בעופות אשר עשירים באומגה 6 ובתוצרי גידול.
• שומנים איכותיים – שומן מחיות מרעה, דגים שומניים, שמן זית, אבוקדו וקוקוס.
• מזונות מותססים – ירקות ופירות מותססים, קמבוצ'ה, קפיר קוקוס, יוגורט קוקוס ותוספי פרוביוטיקה.
• מזונות עשירים בגליצין – בעיקר ציר עצמות וג'לטין

אם אתם יכולים, רצוי לאכול מזון מגידול מקומי ובעיקר גידולים אורגניים. לא כל כך בגלל האורגני, אלא בגלל הדשן שמשמש לגידולים אורגניים – צואת בעלי חיים, אשר מכילה מיקרונוטריאנטים רבים וחשובים.

טיפים נוספים הם לשתות מספיק מים ולאכול מספיק מזון (לא תאמינו כמה אנשים אוכלים מעט מדי). במיוחד רלוונטי עבור מי שנמצא בתת משקל, אבל רלוונטי גם למי בעודף משקל, שימו לב שאתם לא נמצאים בחסך קלורי, משום שמילוי החוסרים התזונתיים חשוב יותר מקצב הירידה במשקל.

זיכרו שהפירות היחידים אשר לא נכללים בפרוטוקול האוטואימוני הם הסולניים.

בתור התחלה רצוי שלא להגביל קבוצות מזון שלמות כמו FODMAP, עמילנים, היסטמינים, גויטרוגנים, מזונות עשירים בסיבים וכו' במשך לפחות ארבעה חודשים בפרוטוקול האוטואימוני ורצוי אפילו חצי שנה. פשוט הקפידו על צריכת ירקות מגוונת ורבה, והשתדלו לשלב ירקות ירוקים בכל ארוחה. במידה ואתם לא אוהבים ירקות, תאכלו יותר איברים פנימיים ובשר ג'לטיני, אבל תזכרו שזהו אינו תחליף לאכילת ירקות. תאכלו את הירקות שלכם.